Das Therapiespektrum der andrologischen Sprechstunde ist weit gefasst und variiert je nach Vorstellungsgrund, Befunden des Patienten und Ursache der festgestellten Störung. Es reicht von einer psychologischen Betreuung über medikamentöse Ansätze, modernen Methoden der assistierten Reproduktion bis hin zu operativen Verfahren. Entsprechend variieren auch die Therapieerfolge. 

Insbesondere die Therapie männlicher Fertilitätsstörungen ist oft schwierig und nicht immer erfolgversprechend. Dies gilt in besonderem Maße, wenn die Ursache der Fertilitätsstörung trotz umfangreicher Diagnostik ungeklärt bleibt (idiopathische Infertilität) und eine ursachenorientierte Behandlung daher nicht möglich ist. Neben allgemeinen Maßnahmen, wie Nikotinabstinenz, der Vermeidung exzessiven Leistungssports und zu häufiger Saunabesuche können bei bestimmten Befundkonstellationen medikamentöse Therapien erwogen werden. Führen diese Maßnahmen nicht zum gewünschten Ziel, stehen heute so genannte assistierte Reproduktionstechniken, wie die in-vitro-Fertilisation (IVF) oder die intrazytoplasmatische Spermatozoeninjektion (ICSI), zur Verfügung. 

Aber nicht immer ist die Frage der geeigneten Therapie offen. Gute Therapiemöglichkeiten kann es z.B. bei endokrinologisch bedingter Subfertilität geben, bei der je nach zugrunde liegender Störung ggf. durch eine Hormonsubstitution eine dauerhafte oder vorübergehende Normalisierung der endokrinologischen Lage des Patienten und darüber eine Normalisierung des Samens erreicht werden kann. Auch ist die operative Entfernung von Hodenkrampfadern (Varikozele) i.d.R. mit einer signifikanten Verbesserung der Samenqualität verbunden.